Minęło wiele lat, odkąd Naota i Haruhara Haruko wspólnie podzielili swoją przygodę. Tymczasem wojna pomiędzy dwoma jednostkami znanymi jako Medical Mechanica i Fraternity rages szaleje w całej galaktyce. Hidomi to młodą nastoletnią dziewczynę, która wierzy, że nie ma nic niezwykłego, czego można się spodziewać po swoim przeciętnym życiu, aż pewnego dnia, kiedy nowy nauczyciel o imieniu Haruko pojawia się w jej szkole. Wkrótce Medical Mechanica atakuje jej miasto i Hidomi odkrywa tajemnicę wewnątrz niej, które mogłyby uratować wszystkich, sekret, który może odblokować tylko Haruko.
