Po zakończeniu trwających przez lata wojen, zniszczony świat powoli staje na nogi. W celu odbudowania ludzkiej cywilizacji, utworzone zostaje 6 głównych ośrodków mieszkalnych. Jednym z nich jest miejsce akcji anime - No. 6. Jest to miasto w pełni skomputeryzowane, w którym roboty sprzątające ulice są na porządku dziennym, a umieszczanie chipów w ludziach nikogo nie dziwi. Przyzwyczajeni do takiego stanu rzeczy mieszkańcy egzystują tu jednak bez zmartwień i w dostatku. Jednym z nich jest nasz główny bohater - dwunastoletni Shion.
Jest rok 2013. Shion, należący do elity miasta młody geniusz, prowadzi spokojne życie, mieszkając wraz z mamą w wielkim apartamentowcu - przynajmniej do czasu, gdy pewnego deszczowego dnia do jego pokoju wskakuje przez okno ranny, nieznajomy chłopiec. Shion dostrzega ranę na jego ręce i pomimo wyraźnego sprzeciwu postanawia udzielić mu pomocy. Chłopiec przedstawia się jako Nezumi (w tłumaczeniu Szczur) i okazuje się być zbiegłym więźniem, co o dziwo nie robi zbyt dużego wrażenia na naszym bohaterze. Nezumi korzysta z pomocy Shiona i odchodzi. Niestety o karygodnym czynie chłopca bardzo szybko dowiadują się władze - wskutek tego Shion i jego matka zostają pozbawieni statusu “elity” i wysłani do biednej części miasta.
